Institut za nizijsko šumarstvo i životnu sredinu poseduje sledeće laboratorije:
- Semenska laboratorija
- Entomološka laboratorija
- Fitopatološka laboratorija
- Pedološka laboratorija
- Laboratorija za mikropropagaciju
- Laboratorija za molekularna istraživanja
- Laboratorija za dendrohronologiju i anatomiju drveta
- Laboratorija za fiziologiju i biohemiju